В организме человека большая часть вибрионов погибает под действием кислой среды желудка и лишь небольшая часть достигает тонкой кишки. В ответ на проникновение бактерий кишечный эпителий выделяет щелочной секрет, насыщенный желчью (желчь - идеальная среда для размножения возбудителя). Клинические проявления холеры обусловливает способность к образованию экзотоксинов
Определенную роль в поражениях, вызываемых биотипом Эль-Тор, играют гемолизины.